大豆油在贮藏中，容易受油脂本身所含水分、杂质及环境空气、光线、温度等因素的影响而酸败变质。因此，贮藏大豆油必须尽量减少其中的水分和杂质含量，贮藏在密封的容器中，放置在避光、低温的场所。
通常的做法是，油品入库或装桶前，必须将装具洗净擦干，同时认真检验油品水、杂含量和酸价高低，符合安全贮藏要求的方可装桶入库。大豆油中水分、杂质含量均不得超过0.2 %,酸价不得超过4.桶装油品不宜过多过少。装好后，应在桶盖下垫以橡皮圈或麻丝，将桶盖拧紧，防止雨水和空气侵入。同时每个桶上要及时注明油品名称、等级、皮重、净重及装桶日期等，以便分类贮存和推陈贮新。
桶装油品以堆放仓内为宜，如需露天堆放，桶底要垫以木块，使之斜立，桶口平列，防止桶底生锈和雨水从桶口浸入；高温季节要搭棚遮荫，以防受热酸败；严冬季节在气温低的地区，无论露天或库内贮藏，都要用稻草、谷壳等围垫油桶，加强保温，防止油品凝固。
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